连接境智网在ymaker的活跃之下虽然恢复安定，但因为汉诺骑士的计划而受到毁灭性的损害。sol技术公司在此重建「连接境智网」后开放新生连接境智网。脱胎换骨的决斗世界中人们发出欢呼，再次充满了活力。然而，就在那新生连接境智网里，理应是救过网络的ymaker反而遭到悬赏通缉……

ymaker追上袭击草薙弟弟仁的神秘人物并挑战决斗。然而，神秘人物使用的未知之卡迫使他陷入苦战。寻找胜利突破口的ymaker使用由ai交给自己的新卡就此转守为攻！

ymaker跟在夺走仁的意识并自称鲍曼的决斗者后面追赶。然而，他被自己面前新出现的2名决斗者挡住去路。就在那时，神秘决斗者soulburner赶到，代替ymaker接受决斗。那位soulburner的决斗盘上，居然有伊格尼斯！？

转学到和游作相同学校的穗村尊的真正身份就是出手帮过ymaker的soulburner。成为游作同学之后的他跟自己拥有的伊格尼斯一起开始向游作讲述有关电子界世界崩溃以及新敌人存在的事。

成为sol技术公司赏金猎人的go鬼冢找到通缉中的ymaker和ai并强行要求决斗。但在那时，go鬼冢的面前却有soulburner出来阻挡并为了保护ymaker而挑起决斗。

go鬼冢操纵ダイナレスラー(恐龙摔跤手)卡组发动猛攻，soulburner靠着転生炎獣(转生炎兽)的效果熬过去。面对为了证明自己最强紧逼而来的go鬼冢，有着输不得理由的soulburner给自己的拳头附上了逆转的火焰！

赏金猎人血腥牧人强迫悬赏的通缉犯ymaker进入决斗。他预测了ymaker的布阵，以ドローン(无人机)卡组的协作连环技来彻底封锁ymaker的战略。

血腥牧人彻底调查过ymaker的卡组。在他的无人机卡组面前，ymaker束手无策。被步步逼近的无人机追击给逼到极限的ymaker为了攻破血腥牧人的作战计划，在此实行了某个秘策。

ymaker和soulburner来到狂风怒号的悬崖上，依靠不可思议的力量终于到达遗迹并且开始对其展开调查。在遗迹的深处迎接那俩人的是意想不到的人物。

soulburner接受了来自风之伊格尼斯的委托，跟入侵到风之区域的蓝色少女开始了决斗。soulburner虽然受了淘气仙星的伤害但呼唤出転生炎獣ヒートライオ(转生炎兽炽热多头狮)发动攻势。然而，蓝色少女不把炽热多头狮的攻击放在眼里，还用克服弱点的淘气仙星新战术逼得soulburner走投无路。

ymaker终于找到了鲍曼的住处，并为拿回遭人夺取的草薙仁意识而挑战决斗。ymaker在过去与鲍曼的决斗中胜利过，于是他一边预测对手的战术一边进行决斗，但面对鲍曼得到比以前决斗更大幅度强化之后的决斗，他反被逼得走投无路……。随后，鲍曼开始讲述自己的过去。究竟鲍曼的真正身份是……

ymaker由于改变面貌的鲍曼发起的猛攻而受到巨大伤害。即便如此他仍为了胜利而激起斗志，去突破那凶恶ハイドライブ(驱动龙)的布阵。然而就在这时，鲍曼采取了令人吃惊的行动。

过去发生让电子市陷入恐慌的异身事件。自此之后，汉诺三骑士(ハノイの三骑士)的病魔作为主谋之一被监禁在收容所。就在她处于严格监视下的时候，某名男子在其面前现身……

调查关于ymaker真正身份一事的别所惠麻和财前葵盯上了夸口自称ymaker挚友的岛直树。随后，惠麻变身为幽灵少女找到身为岛所用虚拟形象的神勇大将，对其提出决斗。

ymaker和soulburner收到草薙的联络之后前往新出现的大门。可是，soulburner被血腥牧人设在那里的陷阱给捉住。随后血腥牧人开始探查soulburner被隐藏的记忆……

ymaker为了救出被囚禁的soulburner而向赏金猎人剑持(剣持)和铠坂(铠坂)发起挑战。另一方面，soulburner因为血腥牧人的陷阱被挖出隐藏的过去记忆！在被看穿弱点的不利状况中，soulburner和血腥牧人的决斗开始了……

血腥牧人探查soulburner的记忆从而看穿他的弱点，通过无人机怪兽的凶恶连环技建立了压倒性的优势。soulburner陷入令人绝望的状况之中被逐步逼向走投无路的境地。他能否克服弱点赢得决斗胜利呢……！？

某日，游作和尊打算去草薙那里，岛出现在面前叫住了游作。尊只好一个人过去，还向草薙问了关于与游作相会的事。草薙讲述的那段内容是他与ymaker的过去。

被记述为都市传说的连接境智网沉睡的神秘迷宫，布满机关的种种陷阱。以及，在那前方等待着的东西是……。从草薙口中讲述的ymaker诞生秘史在此终于真相大白！？

ai对网上写的情报进行调查，有一次，它发现了有关伊格尼斯的可疑文章。ymaker和ai为了确认那段文章的真伪而前往连接境智网，想不到等待他们的是地之伊格尼斯……

地之伊格尼斯从水之伊格尼斯那里知道了电子界世界的危机。为了看清人类是哪种存在，决定向ymaker挑战。ymaker受到gゴーレム(g石人)攻击而陷入危机。

ai从决斗盘中突然失踪。查到此事原因出在其他伊格尼斯身上，ymaker为了搜索艾而前往连接境智网遇到光之伊格尼斯。在此ymaker得知了光之伊格尼斯的目的以及电子界族世界崩溃一事背后隐藏的真相！